Most of the surveys of periphyton carried out for environmental and ecosystemhealth assessment of streams have considered the impact made on their fixativesubstrates (stones, rocks, sand, silt, clay and other abiotic matters), but there hasbeen virtually no research that considered moving substrates. This study attemptedto make an analysis and assessment of the habitat environments of the microalgaeattached to the skin surfaces of fish living in small streams, with a focus on theirspecies composition and community structure. The dominant fish in the this surveywere Zacco temmincki and Zacco platypus, which are usually found in the streams,and rivers, and they accounted for 62percentage and 19percentage, respectively, in relative abundance. Substrates of fish, a representative organism with the trait of moving a long distance, show a marked contrast with those of organisms fixed at a certain place. Characteristics of both the upstream and the downstream reach well reflected in the microalgae attached to the skin surface of fishes, of which diatoms took the major composition. The result of this observation is considered to be useful to provide basic data in assessment of stream health. Also it may be suggested as a biological tool for the assessment of aquatic environment in the future.