This study included the development of analytical method for determiningperchlorate in water sample. The analytical condition was referred in EPA 314.0method which use Ion chromatography and the concentrator column was replacedby the guard column. Concentrating 10mL raw or treated water sample on to AG16guard column made it possible to get the LOD(Limit of Detection) of 0.73 ㎍/L. Thetotal run time was 11 minutes and during run time next sample could beconcentrated on AG16 guard column. Compared to the Concentration method whichneeded manual operation, the Direct Injection method could screen the many watersamples. The LOD of the Direct Injection method was higher and the sensitivitywas lower than that of the Concentration method. The RSDs(Relative StandardDeviations) were lower than 2.5percent for peak height and 0.7percent for retention time in pre-concentration methods. This method Showed good reproducibility and reliability and it was thought the deviations of recovery value could be reduced byconsidering column capacity and making water sample homogeneous. Matrix Elimination could be done using the pre-concentration method if perchlorate were in complex matrix of sample.