The diatoms are an ecologically important group of algae that have been extensively studied by ecologist and taxonomists. However, the large-scale patterns of diatom distribution and the factors underlying this distribution are largely unknown. The aims of this study were to identify the large-scale spatial patterns of benthic diatom assemblages in Korean streams and rivers, and to assess the importance of numerous environmental factors on diatom distribution. We classified 720 study sites based on diatom flora.