Hyperspectral sensor can confirm more exact material property because spectrum bandwidth is more detailsthan multispectral sensor. Actually, it is not many reported previously, measurement of climate change, vegetationand ecology environment using hyperspectral sensor based on satellite, airborne and fixed ground areused in the world. However, water quality management using hyperspectral imaging system is limited and temporary.Therefore it is not enough data library to apply management of water environment with hyperspectralsensor. In this study, water quality analysis methods using hyperspectral sensor based on principle of NIR, FTIRand Raman spectroscopy to apply analysis organic compounds in water were described. This study will providegood information for many applications to control water quality of river and treatment water.