Ganciclovir resistance of human cytomegalovirus is associated with mutations in the viralUL97 gene and poses severe problems for immunocompromised patients. In this study, PCRbasedrestriction fragment length polymorphism and sequencing analyses detected the UL97D605E mutation in all five clinical isolates from patients with ganciclovir-resistant humancytomegalovirus infection during prolonged ganciclovir therapy, whereas the M460Vmutation was only present in 1 of 5 isolates. On the other hand, the detection rates of theD605E mutation in the stored available DNA samples from the donor and allogeneic stem celltransplantation recipients were 66.7% and 93.7%, respectively, suggesting that the presence ofD605E mutation was not associated with the ganciclovir exposure. Although the D605Emutation may not be related to ganciclovir resistance, we suggest that this mutation could bean important molecular marker of human cytomegalovirus evolution in East Asian countries.Moreover, the restriction fragment length polymorphism method using the restriction enzymeHaeIII, which is generally used to detect the UL97 A591V mutation, could also detect theD605E mutation and may therefore be a useful tool for future research on the investigation ofUL97 gene mutations.