The occurrence of human norovirus (NoV) genogroup I (GI) and genogroup II (GII) strainswas investigated in Korea. Between 2007 and 2010, 265 samples were collected from 89 Koreanwater source locations. NoV GI was detected in 4.5% and NoV GII in 1.5%. Samples collectedin winter had the highest occurrence; 9.4% for NoV GI and 6.3% for NoV GII. NoV GIdetection was highest in groundwater, with the next highest in river water and the lowest inlake water (5.9%, 5.4%, and 1.6%, respectively), and NoV GII was found only in river water.When three representative Korean basin systems (Han (H)-, Geum/Seom (G/S)-, andNakdong (N)-river basins) were compared, both NoV genogroups were high in the G/S-, butabsent in the H- river basin. The most prevalent genotypes within the GI and GII groups wereGI.5 and GII.4, respectively. The NoVs found in surface water were identical to those found inpatients and those found in groundwater. The NoVs appeared to be transmitted from thepatient to the surface water, and then to the groundwater, suggesting a fecal-oral route oftransmission. This is the first nationwide surveillance of NoV in major Korean water sources.