This study proposed seven priority steps as a procedure for making a master plan forrestoring destroyed aquatic system with biological consideration.Step 1 is to set up the basicconcept of restoration by considering the characteristics of the target river. The objective of Step2 is to survey and evaluate the channel form changes of the target river. Step 3 is to estimate thenatural environment including ecological habitat and the extent of damage. Step 4 is to analysisthe change of biota, endangered species, dominant species, and select the restoring species.Step 5 is to establish the restoring plan including selection and restoration of ecologicallyfunctional area, security of biodiversity. Step 6 is to select the applied facilities such as wetland,fish habitat block, fishway. Finally, Step 7 is to establish the master plan of restoring plan throughthe consultation and consensus of various stakeholders.