Resulted from clogging of the filtering system due to algal broom, water quality deterioration occurs andintermittently yields problems of unstable water supply in Yokji reservoir. In the reservoir located in Yokji island inTongyeong city, the resources of the algal broom the concentrations of water quality constituents including organicmatters, inorganic matters, and Chl-a were relatively low. Since concentrations of po4-p observed in the inflow andreservoir were very low ranging 0.2~7.6 ppb, consistent algal broom will not occur. However, the standing crop ofFragilaria and Aulacoseria which are classified as large size bacillariophyceae were relatively high from the result ofalgae monitoring in the upstream river. Accordingly in the Yokji reservoir, the standing crop of Fragilaria andAulacoseria were very high ranging 3,100~7,700 cells/ml, 340~520 cells/ml, respectively. Bacillariophyceae speciesin this study was main sources of clogging of the filtration system which can results in problems of water treatmentfacility. Based on the monitoring results, field oriented and applicable water quality improvement scheme is requiredsuch as algae fence, algae removal technologies in the reservoir considering the environmental characteristics oftarget site. For water quality improvement in the Yokji Reservoir, seasonal water treatment scheme and mitigation ofbacillariophyceae is important based on the consistent monitoring.