A logic-based maximum power point tracking (MPPT) and LabVIEW interface for digitally controlled variable resistiveload were developed and applied to a continuously operating flat-plate microbial fuel cell (FPM). The interaction betweenthe designed MPPT algorithm and electrochemically active microbial performance on the electrode was demonstrated totrack the maximal performance of FPM system. MPPT could dynamically derive the optimal performance from varied operatingconditions of FPMs such as organic concentration, flow rate, and sampling interval, and produce a maximumpower density of 88.0 Wm3. The results provide essential information to build an automatic control strategy to achievethe maximum performance from field scale microbial fuel cells for applications to sustainable bioenergy recovery fromvarious biomass feedstocks.