Isoёtes L. (Isoёtaceae) is a cosmopolitan genus of heterosporous lycopods containing ca. 200 speciesbeing found in lakes, streams, and wetlands of terrestrial habitats. Despite its ancient origin, worldwide distribution,and adaptation to diverse environment, species in Isoёtes show remarkable morphological simplicityand convergence. Allopolyploidy appears to be a significant speciation process in the genus. These characteristicshave made it difficult to assess the phylogenetic relationships and biogeographic history of Isoёtes species.In recent years, these difficulties have somewhat been reduced by employing multiple molecular markers.Here, we reconstruct the phylogenetic relationships in East Asian Isoёtes species. We also provide their divergencetime and biogeographic origin using a fossil calibrated chronogram. East Asian Isoёtes species are dividedinto two clades: I. asiatica and the remaining species. Isoёtes asiatica from Hokkaido forms a clade with northeasternRussian and western North American Isoёtes species. In clade I, western North America is the sourcearea for the dispersal of Isoёtes to Hokkaido and northeastern Russia via the Bering land bridge during the lateMiocene. The remaining Isoёtes species (I. sinensis, I. yunguiensis, I. hypsophila, I. orientalis, I. japonica, I.coreana, I. taiwanensis, I. jejuensis, I. hallasanensis) from East Asia form a sister group to Papua New Guineanand Australian species. The biogeographic reconstruction suggests an Australian origin for the East Asian speciesthat arose through long-distance dispersal during the late Oligocene.