In this study, we determined the complete mitochondrial genome sequences of cyprinid freshwaterfish, Microphysogobio jeoni, belonging to the subfamily Gobioninae in the order Cypriniformes. Thecomplete mitogenome of M. jeoni was 16,602 bp in length and consisted of 13 protein-coding genes(PCGs), 22 tRNAs, and two rRNAs. The gene order was identical with other Microphysogobio species.The overall nucleotide composition of M. jeoni was AþT: 56.1% and GþC: 43.9%, with slightly ATbias. In the phylogenetic tree, M. jeoni and other congeneric species clearly formed a monophyleticclade, and each species distinguished against each other well.