Climate change is a critical factor to determine hydrological dynamics and ambient water quality in freshwater ecosystems. Particularly for nutrient loading, nitrogen and phosphorus dynamics vary largely according to intensity and frequency of rainfall events. Korea’s Ministry of Environment operates water quality monitoring networks on a weekly basis. Despite their consistent observation routine, the sampling misses a certain amount of nutrient loading emerged from irregular rain events. In this respect, we hypothesize that these episodic rain events may exert a large influence on annual nutrient loading estimation, provided that approximately 60% of annual rainfall is biased to the summer monsoon period in Korea. To this end, the present study focuses on comparative nutrient loading estimates between two different sampling strategies. It highlights that data missing and observation failure for extreme events could downplay exogenous nutrient loads to induce summer harmful algal blooms in freshwaters.