Freshwater on the Earth's surface accounts for a small proportion, but it plays an important role in storing, decomposing and releasing organic carbon emitted from upstream watersheds. Therefore, in 2008, UNESCO identified terrestrial freshwater, such as rivers and lakes, as an important source of atmospheric CO2. However, studies on the CO2 emission flux of domestic freshwater systems are very rare due to the lack of basic data. Therefore, this study evaluated the CO2 emission potential by measuring the partial pressure of CO2 in water (pCO2) using an in situ submersible nondispersive infrared detector in various rivers and lakes in Korea. The survey sites include weir pools in Geum and Nakdong rivers, agricultural reservoirs (Cheongho, Miho,Hangye, Inpyeong), and a multipurpose dam reservoir (Daecheong). The CO2 emission potential was evaluated by comparing the partial pressure of CO2 in atmosphere and water. In addition, the pCO2 measurement data was compared with data from other countries. The pCO2 survey showed that in 72.5% (n = 131) of the total samples measured, CO2 in water was supersaturated. The average pCO2 of four weirs on Nakdong River ranged from 644 to 844 μatm and acted as a heterotrophic system, releasing CO2 into the atmosphere most of the time. In the case of the Hoenam area of Daecheong Reservoir, where thermal stratification was formed during the sampling period, pCO2 per depth ranged from 525 to 2272 μatm, and the deeper the water, the higher the pCO2 was. In addition, the pCO2 measured in the agricultural reservoirs ranged from 379 to 5256 μatm, and the deeper the water, the higher the pCO2 value. The distribution of pCO2 in domestic rivers and lakes identified in this survey is evaluated to have a range similar to that ofpCO2 measured in other countries located in the mid-latitude region.