To understand how to efficiently observe the biomass and community of phytoplankton,phytoplankton sampling was carried out from June to October 2019 at the Yeongju dam sediment controlreservoir (YJ) and Bohyeonsan dam reservoir (BH1 and BH2). The results derived from microscopic observation,such as the conventional phytoplankton qualitative/quantitative analysis, and from the CHEMTAX method basedon the pigments, were compared. The relative contribution of phytoplankton, calculated by the microscopy andCHEMTAX methods, showed a significant difference in all four classes: cryptophyta, chlorophyta, cyanobacteria,and diatoms. In addition, the correlation between the two observation methods was poor. This might be causedby methodological differences in microscopy that do not consider the varying cell sizes among phytoplanktonspecies. In this study, by converting the cells into carbon, the slope between both carbon biomasses basedon microscopy and CHEMTAX was improved close to the 1 : 1 line, and the y-intercept was closer to 0 forcryptophyta and diatoms. For cyanobacteria, the slope increased, the y-intercept decreased, and the plotapproached 1:1 although the correlation coefficients were not improved in all classes. The present study suggeststhat application of CHEMTAX based on pigment analysis could be a possible approach to efficiently determinethe relative carbon proportions of individual classes of phytoplankton community composition.