댐·하천 관리에 여름철 우점종으로 출현하는 유해 남조류 모니터링은 필수적이다. 최근 유해 남조류 분석을 위해서 현미경 분석에 의한 형태학적 분석, 16S rRNA 유전자 염기서열과 같은 분자 분석 방법 등 분석하고자 하는 목적에 따라 다양한 방법이 수행되고 있다.  본 연구는 5월, 6월, 7월 및 9월의 J댐 및 S댐에 현장에서 채수한 시료로 16s Metagenome 및 현미경 분석을 수행하였다. 분석 결과, 12개 시료의 분석 결과 30문, 38강, 85목, 177과 및 405속이 분류되었다. 이 중 남조류는 26속이 출현하였으며 Cyanobium 속 등의 초미세 플랑크톤(picoplakton) 등이 9월 J댐에서 우점하였다. 또한 이취미, 독소 등 조류 부산물과 연관 있는 조류 종에 대한 분자생물학적 연구를 수행하였다. 분자생물학적 분석을 실시함으로써 현미경 분석방법에서 해결하지 못했던 초미세 플랑크톤 검출, 타 세균 간의 관계 등의 추가 분석이 가능하다. 이를 통해 수화현상, 조류종으로 발생하는 맛·냄새 등 복합적인 원인을 규명하는 것에 보완 지표로 활용할 수 있을 것으로 보인다.