Our study deals with how the short nine-spine stickleback Pungitius kaibarae uses visual cues to select among habitats, thereby reducing predation pressure from the Japanese eel Anguilla japonica. We examined the behaviour of P. kaibarae in selecting four habitats (water weed, sandy, rocky and open water) under the presence/absence of A. japonica. Using video tracking technology, we found that in the presence of A. japonica, sticklebacks preferred specific refuge patches, such as water weed and rocks, over open water with a sandy bottom. Thus, our investigation demonstrated the importance of habitat structures in evoking escape behaviour. We discuss the importance of this bold behaviour patterns of the prey fish.