Understanding watershed processes is critical to predicting and mitigating flood and drought risk.  Over the past century, the capability to isolate the influence of individual factors on hydrologic responses has been enhanced through the introduction and application of paired-watershed experiments. However, the high variability of paired experiment outcomes has been noted to limit conclusive reasoning from the results. Thus, in an effort to resolve this issue, this study assumes that the high variability in paired-watershed experiments is due to the changes in the watershed system states (e.g., soil moisture and groundwater states). A state-controlled hypothesis test is proposed for the paired-watershed experiment to test treatment impact with the control of watershed system states. The application of the state-controlled test to one pre-existing paired-watershed experiments in southeast Australia showed that the variability in the test results can be reduced and provide further understanding about the nature of changes that occur.