The frequency of pathogenic bacteria that threaten the safety of drinking water has been increasing due to climate change. Rising temperatures have been shown to promote the growth of pathogenic bacteria like Legionella and Mycobacterium, leading to a higher incidence of infections. This study aims to ensure the safety of drinking water by proactively monitoring pathogenic bacteria such as Legionella in water treatment systems. Raw water, sedimentation water, filtered water, backwash water, treated water, and tap water were collected from three different water treatment plants (WTP) in February and August 2024. 16S rRNA amplicon sequencing was performed using the Ion Torrent PGM platform with the 16S Ion Metagenomics Kit™. The results showed that the microbial diversity was highest in raw water, and no similarity in community structure was observed between the other sampling points. Proteobacteria accounted for more than 40% of the microbial composition across all samples, while Bacteroidota represented more than 15% in raw water but less than 10% in other samples. The L. pneumophila gene was detected in the process water of two WTP and tap water of one WTP, but it did not grow in cultures using buffered charcoal yeast extract (BCYE) agar. These results suggest that the detected L. pneumophila DNA may originate from inactivated bacteria during the water purification process. Although pathogenic bacteria like Legionella are being treated through the water treatment process, continuous monitoring is required due to the persistent detection of their DNA to ensure the safety of drinking water.