Spectral nudging is an effective method of preventing drift from large-scale background conditions in regional climate models by retaining circulations with the wavelengths longer than a specified threshold. The effects of spectral nudging on extreme precipitation simulation need to be quantified to improve the accuracy of climate modelling and prevent associated damage. This study performed sensitivity experiments using a kilometer-scale model to explore the role of domain size and synoptic characteristics. Ensemble experiments were conducted using five different initial conditions and three extreme precipitation events over South Korea were analyzed, which occurred in association with extratropical cyclone. The application of spectral nudging is found to maintain the large-scale upper tropospheric background condition, resulting in a consistent spatial pattern of precipitation. On the other hand, without spectral nudging, the spatial pattern of precipitation varies across ensemble runs with larger domain sizes exhibiting greater impacts of spectral nudging. Furthermore, the effect of spectral nudging depends not only the size of the domain, but also on the synoptic characteristics of the case, such as horizontal scale of cyclone system and background baroclinicity. Our results suggest that spectral nudging and domain size should be carefully considered when simulating extreme precipitation events.